Un día, pequeños gusanos alienígenas llamados «parásitos» invaden la Tierra para apoderarse del cerebro de los humanos y tomar control total de sus cuerpos. Shinichi Izumi, un estudiante de secundaria común, es atacado por uno de estos seres, pero logra bloquearlo a tiempo para evitar que llegue a su cabeza. Como resultado, el parásito queda atrapado dentro de su mano derecha, desarrollándose como una entidad independiente llamada Migi. Al ser incapaces de devorar el cerebro del otro, Shinichi y Migi no tienen más opción que coexistir en una extraña simbiosis. Sin embargo, para sobrevivir en un mundo donde otros parásitos ven a la humanidad únicamente como alimento, ambos deberán unir fuerzas y luchar contra violentas amenazas que ponen en riesgo su vida y el destino de la especie humana.
